Fate/Grand Order -絶対魔獣戦線バビロニア-

西暦2010年。カルデアに赴任する事になったロマニ・アーキマン。彼はある少女の主治医となる。「先輩」という言葉に興味を持つ召喚例第二号の少女マシュ・キリエライト。ふたりのふれあいは、マシュにひとつの望みを抱かせた。その望みは、波紋となって拡がっていく。それは君の物語であり、誰かの物語。未来を紡ぐ旅、その始まりの物語。

人理継続保障機関・カルデア。人類最後のマスター・藤丸立香とそのサーヴァント、マシュ・キリエライトは、未来を取り戻すため長い旅をしてきた。最後の特異点修復のため、2人は古代メソポタミアへと踏み込む。

エルキドゥによる誘導のもと、ウルクを目指す藤丸たち。しかし、目的の方角とは異なる道を行くエルキドゥに、マシュは不穏な空気を感じ取る。そんな一行の前に、突如浮き世離れした男と少女の2人組が現れる。

ウルクを治める賢王・ギルガメッシュと謁見した藤丸たち。藤丸はギルガメッシュに対し、メソポタミアに恐慌を与える「三女神同盟」を倒すことと引き換えに、この特異点を引き起こしている聖杯を得たいと提示する。

かつて旅した特異点での光景を思い出す藤丸。魔術王の手によって害され、守れなかった者がいたという後悔。藤丸は自身の選択について、今も逡巡していた。そんな彼に、ギルガメッシュより王命が下る。

突如カルデア大使館を訪れたギルガメッシュに、唖然とする藤丸たち。そこで直接言い渡された新たな王命は、ペルシア湾の調査だった。今回の旅は、久しぶりに訪れたマシュと2人だけの道程となるはずだったが…。

ペルシア湾の調査を終えた藤丸たちは、新たな王命を請ける。それは、以前クタ市でギルガメッシュが失くした粘土板を回収せよというものだった。クタ市は三女神が現れた後、前触れもなく消え去ったという都市で…。

無事にギルガメッシュの粘土板を回収した藤丸は、深い眠りの中で第四特異点・ロンドンでの魔術王との対峙を思い出し、最後の聖杯の必要性を再認識する。そんななか、マーリンが北壁の魔獣たちの動きを察知する。

連絡の途絶えた城塞都市・ニップルに残された人たちを救うため、待ち構えていた偽エルキドゥとの戦闘を始める藤丸たち。フォウの助けもあり何とか均衡を保っていたが、戦いの最中、ついに魔獣の女神が出現する。

牛若丸とレオニダス一世を失った藤丸たち。ジグラッドに帰還した一行から報告を受けたギルガメッシュは、ゴルゴーンに対抗するには三女神の攻略が必要だとし、まずはイシュタルを仲間にするよう藤丸に命じる。

イシュタルを仲間にした藤丸らは、ギルガメッシュから南の密林・エリドゥに保管されている“マルドゥークの手斧”の情報を得る。イシュタルにより密林の女神の真名が明かされると同時に、密林の女神がウルクを襲う。

ジャガーマンを味方につけた藤丸たちは、エリドゥの手前で死んだと思われていたウルク兵たちと再会。彼らの無事を知り、ケツァル・コアトル打倒への活路を見出す。そして、ついにエリドゥ太陽神殿にたどり着く。

過労により永遠の眠りについたギルガメッシュ王。さらに王のみならず、ウルク市民の衰弱死も増えているという報告をシドゥリから受ける。そんななか、三女神同盟の一柱“冥府の女主人”が鍵だとわかり…。

冥界の女神・エレシュキガルと対峙した藤丸は、共にウルクを救おうと訴えかける。しかし彼女はそれに応じず、彼らに襲い掛かる。ギルガメッシュやイシュタルの力を借り、エレシュキガルの心に問いかける藤丸だが…。

冥界の女神・エレシュキガルと和解し、ウルクへと戻った藤丸たちは、冥界から帰還を果たしたギルガメッシュのもとへ向かう。ゴルゴーンとの最終決戦が迫るなか、ギルガメッシュは藤丸たちにある作戦を提言する。

マルドゥークの手斧によりゴルゴーンの神性を低下させた藤丸たちは、鮮血神殿の最奥にたどり着く。現れたゴルゴーンは復讐のため人類を滅ぼすと明かし、そんな彼女に、神性を解放したアナが攻撃を仕掛ける。

ラフムに攻撃されたキングゥの体内から聖杯が顕現する。聖杯を奪われたキングゥは必死に森の中へ逃げ込むが、ラフムに見つかり悔しくも最期を覚悟する。その時、キングゥは信じられない光景を目にする。

ラフムによって回収された聖杯の力により、ペルシア湾は触れるもの全てが魔獣と化す黒い泥の海に姿を変える。黒泥が迫りくるなか、ウルクを救うべく藤丸たちは全ての根源であるティアマトを撃破することを決意する。

決戦を前にした最後の夜、藤丸やマシュたちは女神たちと束の間の穏やかな時間を過ごす。同じ夜、ジグラットの頂を訪れたキングゥ。立ち上がることもできないほど傷んだ彼の前に、とある人物が現れる。

ケツァル・コアトルの決死の攻撃も届かず、いまだ健在するティアマトの前に、突如ゴルゴーンが現れる。ティアマトの翼を砕くためゴルゴーンは宝具を解放するが、ウルクへの進行を止めることはできず…。